HDTune liest (wie HDD Health oder das Tool des Festplattenherstellers) die S.M.A.R.T.-Infos aus - sollte also alle eventuellen "Vorkommnisse" und "Gesundheitsparameter" der Festplatte anzeigen. Welche Attribute/Parameter genau unterstuetzt werden, haengt vom jeweiligen HD-Hersteller ab. Fehlerhafte Sektoren sollten aber auf jeden Fall registriert werden.
Chkdsk checkt die Integritaet des Dateisystems und findet fehlerhafte Sektoren, indem es Lesefehler beim Zugriff feststellt. Im Normalfall werden also Fehler gefunden die nicht mit der Hardware selbst zusammenhaengen oder aber fehlerhafte Sektoren, die auf die Hardware zurueckzufuehren sind - aber eigentlich auch durch S.M.A.R.T. aufgezeigt werden sollten. Fehler wie "komische Geraeusche" sind im Normalfall wohl eher auf ein mechanisches Problem zurueckzufuehren als auf Fehler des Dateisystems - daher sind die S.M.A.R.T.-Infos genau das, wonach man schauen sollte.
Je nachdem was die Festplatte aufzeichnet (Logs sind bei S.M.A.R.T. leider optional) sollte man allerdings sicher stellen, dass man staendig (zumindest dann wenn Fehler vermutet werden) ein Programm laufen hat, welches die Infos der Festplatte aufzeichnet.
PS: Ich hab allerdings auch nie gesagt, dass der TE bloss kein Chkdsk ausfuehren soll. Wenn ihm allerdings Programme empfohlen werden, von denen er schon zu Beginn sagte, dass er sie ausgefuehrt hat, dann ist das schon ueberfluessig, oder?